De acuerdo con los Estatutos del Sindicato Autónomo de Trabajadores, el Congreso, que se celebra cada 3 años, es el máximo órgano de representación del Sindicato. En él se fijan las directrices sindicales generales, la política organizativa, administrativa y financiera del Sindicato y se elige el Comité Estatal y la Comisión de Garantías y Control.

El Comité Estatal es el máximo órgano de Dirección entre Congresos. Su principal función es la de velar por que se lleven a cabo las directrices fijadas en el Congreso. Elige de entre sus miembros a la Comisión Ejecutiva y al Secretario General.

La Comisión Ejecutiva es el órgano ejecutivo del Sindicato. Asume la responsabilidad de la puesta en práctica de las tareas fijadas por el Comité Estatal. Funciona como órgano colegiado.

El Secretario General es un miembro de la Comisión Ejecutiva, encargado de coordinar ésta y de representar al Sindicato ante terceros. En el XII Congreso del Sindicato, celebrado en mayo de 2011, resultó elegido Julio Linares Pérez.

La Comisión de Garantías y Control actúa como fiscalizador de la gestión financiera del Sindicato y, al tiempo, como instancia última en el caso de conflictos producidos en el seno del mismo.